阿尔泰边疆区行政区划包括12个城市、60个区、15个市级镇和723个村。主要行政区有比斯克区、鲁布佐夫斯克区、布拉戈维申斯基区、阿列伊斯克区、巴甫洛夫斯克区、科西哈区、洛克捷夫斯基区和德意志民族区等。 　　较大城市有： 　　巴尔瑙尔市（英文：Barnaul；俄文：Барнаул），59.36万人 　　比斯克市（英文：Biysk；俄文：Бийск），22.74万人 　　鲁布佐夫斯克市（英文：Rubtsovsk；俄文：Рубцовск），16.84万人 　　鄂毕卡缅市（英文：Kamen-na-Obi；俄文：Камень-на-Оби） 　　戈尔尼亚克市（英文：Gornyak；俄文：Горняк） 　　塔利缅卡市（英文：Tal Kamen；俄文：Тал Камень） 　　扎林斯克市（英文：Zarinsk；俄文：Заринск） 　　新阿尔泰斯克市（英文：Novoaltaysk；俄文：Новоалтайск） 　　巴甫洛夫斯克市（英文：Pavlovsk；俄文：Павловск） 　　阿列伊斯克市（英文：Aleysk；俄文：Алейск） 　　斯拉夫戈罗德市（英文：Slavgorod；俄文：Славгород）